Commit e1dacb0d authored by Julia Fischer's avatar Julia Fischer

Lauffähige Lösung mit Ausgabe der Briefstruktur und Ausgabe der Diagnosen als JSON

parent f9de002c
Pipeline #2518 skipped
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Sehr geehrter Herr Kollege,
ich berichte über o. g. Patienten, der sich am 28.11.2013 in meiner Behandlung befand.
Diagnose:
Dysthymia {F34.1 G}
Soziale Phobie {F40.1 G}
Migräne ohne Aura [gewöhnliche Migräne] {G43.0 G}
Anamnese: Der Patient berichtet, dass er seit vielen Jahren, eigentlich schon seit der Kindheit unter
Migräne leide. Bei Migräne habe er meist einen extremen Druck im Kopf, dabei habe er vor allem
über dem rechten Auge Schmerzen in Form eines Stechens, dabei in der Regel Übelkeit, nur selten
aber Erbrechen. Im weiteren Lichtempfindlichkeit, Geräuschempfindlichkeit, zeitweise
Flimmerskotome rechts. Dauer bis zu einem Tag, Häufigkeit in der letzten Zeit relativ hoch, bis zu
zweimal in der Woche. In der Migräne Attacken nehme er derzeit Novaminsulfon, aber in letzter
Zeit ohne wesentlichen Effekt. Meist mache er alles dunkel und versuche sich schlafen zu legen.
Er leide unter Schlafstörungen, oft könne er sich nicht konzentrieren, ärgere sich dann darüber, die Stimmung sei
eher schlecht. Er neige sehr zum Grübeln. Er sei auch sehr schüchtern, könne nicht gut auf Leute zugehen.
Keine anderen Krankheiten bekannt. Sonst keine Einnahme von Medikamenten.
Ein Zwillingsbruder leide auch unter Migräne, sonst keine Nervenleiden in der Familie bekannt.
Neurologischer Befund: Bewusstsein klar, vollständig orientiert. Hirnnervenverbund unauffällig.
Muskeleigenreflexe seitengleich mittellebhaft. Keine manifesten oder latenten Paresen. Trophik und
Tonus regelrecht, Gang und Stand unauffällig, Koordination ungestört. Sensibilität intakt.
Psychischer Befund: Freundlich zugewandt, Affekt mäßig schwingungsfähig, Insuffizienzdenken,
irritierbar und selbstunsicher, rasch erschöpft, schwunglos, oft angespannt. Schlafstörung. Keine
Tagesperiodik, keine Suizidalität.
Epikritische Beurteilung/ Therapie: In psychischer Hinsicht besteht bei dem Patienten eine
mäßige depressive Verstimmung vor dem Hintergrund einer ausgeprägten sozialen Phobie.
Ich habe dem Patienten ausführlich beraten und zunächst eine
angstlösende und antidepressive Behandlung mit Venlafaxin eingeleitet, Beginn mit 37,5 mg, im
Weiteren auf 150 mg morgens zu erhöhen. Zusätzlich wäre eine Psychotherapie anzuraten. In Bezug
auf die Migräne habe ich für die akute Attacke Sumatriptan 50 mg verordnet, im Weiteren wäre
wahrscheinlich auch eine Prophylaxe sinnvoll, dies wird jedoch vom weiteren Verlauf abhängen.
Mit freundlichen Grüssen
Dr. med.
Direkt-Fax ohne Unterschrift
Sehr geehrte Frau Kollegin ,
wir berichten Ihnen über o.g. Patientin, die sich vom 14.03.2005 bis zum 25.03.2005 in unserer stationären Behandlung befand.
Diagnose(n): Meningeom rechts frontal
Symptomatische Epilepsie mit fokalen Anfällen
Bekannter paroxysmaler Lagerungsschwindel
Arterieller Hypertonus
Postpunktionelle Beschwerdesymptomatik
Anamnese:
Bei Frau F. Kam es in den lwtzten 6 Wochen vor Aufnahme zu revidierenden
Drehschwindelattacken. Jeweils trat eine Verschlechterung beim Lagewechsel auf, insbesondere
beim Liegen auf der rechten Seite war die Symptomatik verstärkt. Vor 3 Jahren hatte man einen
Lagerungsschwindel diagnostiziert mit HNO-Ärztlicher Behandlung. Am Aufnahmetag war nun die Symptomatik anders. Es kam zu einem heftigen Drehschwindel mit Übelkeit, Bewegungen seien kaum möglich gewesen.
Allgemein-internistischer Aufnahmebefund:
Akut red. AZ, adipöser EZ.Unauffälliger internistischer Befund.
Neurologischer Befund:
Unauffälliger Befund, kein Nystagmus. Bei Lagerung nach rechts Zunahme der beschwerden ohne Auslösbarkeit eines Nystagmus.
Diagnostik:
Labor: K 3.56 mval/l, Bili 1.45-1.42 mg/dl, im Übrigen unauffällige Routineparameter.
Liquor: ZZ 4/3, LIZU 67, LIEIW 38, LILAC 12.5 mg/dl. Unauffälliger Liquorproteinbefund.
Schlafentzug-EEG: Im Veraluf erreichen des Schlafstadiums III-IV. In den Wachphasen
regelmäßiges Alpha ohne Herdbefund und ohne Zeichen der cerebralen Erregbarkeitsteigerung. In
Phasen der Vigilanzminderung diskrete Z. der fokalen Erregbarkeitssteigerung li. und re. frontal.
EEG:
Regelmässiges, leicht artefaktgestörtes alpha-EEG ohne Herdbefund und ohne Zeichen der
cerebralen Erregbarkeitssteigerung.
L-EEG: Befund steht noch aus.
Dopplersonographie:
Extrakraniell kein Hinweis für Stenosen.Vertebrobasilär A. vertebralis bds. unauffälig, A. Basilaris
bis 105 mm darstellbar.Transtemporal kein Hinweis für Stenosen.
MRT des Schädels nativ und nach i.v.-Gabe von 20 ml Gadoteridol vom 16.03.05:
Im KHBW bds. in den Spezialschichten keine Hinweise auf entzündliche oder tumoröse Vorgänge.
Bei sonst alterskorrelierenden Befunden sieht man re.-temporo-frontal ein großeshalbmondförmiges Meningeom der Dura anliegend. Der Befund zeigt ein kleines perifokales Ödem und übt Raumforderung gegen die dortige Hirnoberfläche aus. Bislang kein Nachweis weiterer Meningeome. Ewas li. verbreiterter Sinus sagittalis superior im occipitalen Anteil, DD:
Kaliberstarke zuführende Vene.
Einzelne vaskuläre Herdchen bei sonst alterskorrelirenden Befunden und Anhalt für ein kleines
dystrophisches Marklageareal neben dem li. Vorderhorn.
CCT nativ (dringend) vom 14.03.05:
Im maximalen axialen Durchmesser ungefähr 1,2 x 2,2 cm messende, leicht hyperdense
halbmondförmige Formation, der Kalotte re. temporo-frontal unmittelbar anliegend und
wahrscheinlich einem Meningeom zuzuordnen. Keine weiteren auffälligen Hyper-oder
Hypodensitäten. Kein Hirndruckzeichen. Keine Mittellinienverlagerung.
EKG:SR 57/min,LT,formal VW Narbe.
L-EKG:
Durchgehender SR mit physiologischer Frequenzbreite. Keine ventrikulären Arrhythmien, einzelne
SVES. Keine asystolen Pausen. Keine pathologischen Bradycardien.
HNO-Konsil: Ausschluß einer peripher vestibulären Störung. Hörschwelle bis 10dB
Epikrise:
Die Aufnahme erfolgte aufgrund o.g. Symptomatik. Nach Ausschluß einer peripheren Störung und
einer entz. ZNS-Erkrankung gehen wir ursächlich von Frontallappenanfällen bei o.g. frontalem
Meningeom aus. Elektroenzephalographisch zeigten sich bds frontal Erregbarkeitssteigerung. Es
erfolgte eine Einstellung auf Timox zur atikonvulsiven Therapie. Wir empfehlen eine ambulante
Aufdosierung um 150 mg 2-tägig bis auf 900mg Gesamtdosis. Dann bitte ambulate
Oxcarbazepinspiegel und MHD-Spiegelkontrollen. Bitte auch Kontrolle des Natriums , des BB und
der Leberwerte. Die Beschwerden waren im Verlauf rückläufig. Postpunktionelle Cephalgien waren
ebenfalls unter Schmerzmedikation und Coffeinum purum rückläufig. Bezüglich des Meningeoms
bitten wir um eine Neurochirurgische Vorstellung ambulant, da unsererseits wegen der Anfälle eine
OP-Indikation besteht. Ein Termin wurde in Oldenburg für den 05.04.05 um 15:00 vereinbart. Die
Pat. wurde über gefahrenvermeidende Maßnahmen und momentane Fahruntauglichkeit aufgeklärt.
1 Dysthymia {F34.1 G}
2 Soziale Phobie
3 Soz. Phobie
4 Ohne Aura, Migräne, gewöhnlich
5 Migräne ohne Aura
6 Symptomatische Epilepsie mit fokalen Anfällen
7 Bekannter paroxysmaler Lagerungsschwindel
8 Arterieller Hypertonus
9 Postpunktionelle Beschwerdesymptomatik
10 Lokalisationsbezogene (fokale) (partielle) symptomatische Epilepsie und epileptische Syndrome mit einfachen fokalen Anfällen
11 Meningeom rechts frontal
12 Dysthymia
13 blablablabla hugiigigigig
\ No newline at end of file
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F34.0 Zyklothymia
F34.1 Dysthymia
F34.8 Sonstige anhaltende affektive Störungen
F40.1 Soziale Phobien
F40.2 Spezifische (isolierte) Phobien
F40.8 Sonstige phobische Störungen
G43.0 Migräne ohne Aura [Gewöhnliche Migräne]
G43.1 Migräne mit Aura [Klassische Migräne]
G43.1 Migräne: Aura ohne Kopfschmerz
G43.1 Migräne: mit: akut einsetzender Aura
G43.3 Komplizierte Migräne
G40.1 Lokalisationsbezogene (fokale) (partielle) symptomatische Epilepsie und epileptische Syndrome mit einfachen fokalen Anfällen
G40.2 Lokalisationsbezogene (fokale) (partielle) symptomatische Epilepsie und epileptische Syndrome mit komplexen fokalen Anfällen
G40.0 Lokalisationsbezogene (fokale) (partielle) idiopathische Epilepsie und epileptische Syndrome mit fokal beginnenden Anfällen
H81.1 Benigner paroxysmaler Schwindel
I10.0 Benigne essentielle Hypertonie
I10.90 Essentielle (primäre) Hypertonie
I10.90 Bluthochdruck
I10.90 Hypertonie (arteriell)
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package Ueb6;
public class Diagnose {
private int id;
private String name;
private String icd10;
private double score;
Diagnose(int id, String name, String icd10, double score) {
this.id = id;
this.name = name;
this.icd10 = icd10;
this.score = score;
}
public int getId() {
return id;
}
public void setId(int id) {
this.id = id;
}
public String getName() {
return name;
}
public void setName(String name) {
this.name = name;
}
public String getIcd10() {
return icd10;
}
public void setIcd10(String icd10) {
this.icd10 = icd10;
}
public double getScore() {
return score;
}
public void setScore(double score) {
this.score = score;
}
}
package Ueb6;
import java.io.IOException;
import java.nio.file.Files;
import java.nio.file.Paths;
import java.util.ArrayList;
import java.util.LinkedHashMap;
import java.util.Map;
import java.util.regex.Matcher;
import java.util.regex.Pattern;
import com.google.gson.Gson;
import com.google.gson.GsonBuilder;
import edu.stanford.nlp.classify.Classifier;
import edu.stanford.nlp.classify.ColumnDataClassifier;
import edu.stanford.nlp.ling.Datum;
public class MedReportReader {
// ACL: Pfad zu Diagnosen, Trainig und Property File
final static String diag = "diag.txt";
final static String prop = "icd10.prop";
final static String train = "icd10.train";
// Create new DataClassifier (use Propertyfile as defined in prop)
public static ColumnDataClassifier cdc = new ColumnDataClassifier(prop);
// Train Classifier with ICD10 Codes
public static Classifier<String, String> cla;
public static final String REGEXP_DIAGNOSE = "Diagnose\\({0,1}[n]{0,1}\\){0,1}";
// Map zur Speicherung der Strukturwörter (Diagnose, Anamnese,...) als
// KEY, Speicherung der zugeörigen Absätze als VALUE
public static LinkedHashMap<String, String> map = new LinkedHashMap<String, String>();
// ArrayList mit allen Diagnosen
public static ArrayList<Diagnose> diagnosen = new ArrayList<Diagnose>();
public static void main(String[] args) throws IOException {
// Trainieren des ICD-Code-Classifieres
cla = cdc.makeClassifier(cdc.readTrainingExamples(train));
// Lese beide Arztbriefe
for (int i = 1; i <= 2; i++) {
String path = "Arztbrief" + i + ".txt";
new MedReportReader(path);
}
}
public MedReportReader(String PATH) throws IOException {
// Arztbrief in String einlesen
String arztBriefAsString = new String(Files.readAllBytes(Paths.get(PATH)));
// Arztbrief einlesen, Struktur (Absatzname und Absatztext) in map
// speichern und Diagnosen in ArrayList speichern
readMedLetter(arztBriefAsString, map, diagnosen);
// Ausgabe der Diagnosen
System.out.println("Diagnosen aus " + PATH + ": \n");
printJSON(diagnosen);
System.out.println("");
// Ausgabe der Brief-Struktur
System.out.println("Struktur aus " + PATH + ":");
printStructure(map);
}
/*
* Holt ICD-Code und Score der Übereinstimmung anhand einer
* Diagnose-Bezeichnung
*/
public static Diagnose getICDCode(int id, String diagnose) {
double score;
String icd10;
String[] inputArray = { "1", diagnose };
// Test given IPT against Classifier - Could also be: Output
Datum<String, String> d = cdc.makeDatumFromStrings(inputArray);
score = cla.scoresOf(d).getCount(cla.classOf(d));
icd10 = cla.classOf(d);
return new Diagnose(id, diagnose, icd10, score);
}
/*
* Ausgabe aus JSON
*/
public static void printJSON(ArrayList<Diagnose> diagnosen) {
Gson gson = new GsonBuilder().create();
for (int i = 0; i < diagnosen.size(); i++) {
String json = gson.toJson(diagnosen.get(i));
System.out.println(json);
}
}
/*
* Ausgabe der Brief-Struktur
*/
public static void printStructure(Map<String, String> map) {
System.out.println("--------------------------------------------");
for (String key : map.keySet()) {
System.out.println("ABSATZ: " + key);
System.out.println("--------------------------------------------");
System.out.println("TEXT: " + map.get(key));
System.out.println("--------------------------------------------");
}
}
public static void readMedLetter(String arztBriefAsString, LinkedHashMap<String, String> map,
ArrayList<Diagnose> diagnosen) {
// Identifizieren der Strukturwörter (Diagnose, Anamnese,...) der
// Briefe. Annahme ist, dass diese eindeutig durch Wörter mit
// anschließendem Doppelpunkt erkannt werden können.
Pattern pattern1 = Pattern.compile("\n+.*[:]");
// Gesamten Arzt-Brief-String zerteilen an den Strukturwörtern;
// Strukturwort bleibt im Teilstring.
String[] splittedLetter = arztBriefAsString.split("(?=\n+.*[:])");
// Durchlaufen der gesplitteten Strings (z.B. "Diagnose: Text") und
// Trennung am Doppelpunkt ergibt jeweils Strukturwort und Text des
// Absatzes. Diese werden als KEY und VALUE in einer Map gespeichert
for (String retval : splittedLetter) {
Matcher m1 = pattern1.matcher(retval);
String keyValString[] = retval.split(":", 2);
while (m1.find()) {
map.put(keyValString[0].replace("\n", ""), keyValString[1]);
}
}
// Pattern für die Erkennung des Diagnose-Absatzes
Pattern patternDIAG = Pattern.compile(REGEXP_DIAGNOSE);
String[] tempDiag = null;
// Durchlaufen der Map und Suche nach Diagnose. Realisiserung mit
// Pattern, da unterschiedliche Schreibweisen vorhanden
for (String key : map.keySet()) {
Matcher mDIAG = patternDIAG.matcher(key);
// Wenn KEY für Absatz "Diagnose" gefunden wird der zugehörige Text
// mit den einzelnen Diagnosen aus dem zugehörigen VALUE der Map
// gelesen und zeilenweise in ein Array geschrieben
if (mDIAG.find()) {
String value = map.get(key);
tempDiag = value.split("\n");
}
}
// Array tempDiag enthält neben den Diagnosen auch leere Einträge, diese
// werden hier entfernt und alle Diagnosen in eine ArrayList
// geschrieben. Mit der Funktion getICDCode() wird der ICD-Code anhand
// des Diagnose-Namens ermittelt
int id = 1;
for (String diag : tempDiag) {
diag = diag.replace("\r", "");
if (diag.length() > 0) {
Diagnose d = getICDCode(id, diag.trim());
diagnosen.add(d);
id++;
}
}
}
}
## tagger training invoked at Tue Jul 08 16:25:43 PDT 2014 with arguments:
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Sehr_ADV geehrter_ADJA Herr_NN Kollege_NN ,_$, ich_PPER berichte_VVFIN über_APPR o._NE g._ADJA Patienten_NN ,_$, der_PRELS sich_PRF am_APPRART 28.11.2013_CARD in_APPR meiner_PPOSAT Behandlung_NN befand_VVFIN ._$. Diagnose_NN :_$. Dysthymia_NE -LCB-_TRUNC F34_NN .1_CARD G_XY -RCB-_TRUNC Soziale_ADJA Phobie_NN -LCB-_TRUNC F40_NN .1_CARD G_XY -RCB-_TRUNC Migräne_NN ohne_APPR Aura_NN -LSB-_TRUNC gewöhnliche_ADJA Migräne_NN -RSB-_TRUNC -LCB-_TRUNC G43_XY .0_CARD G_NN -RCB-_TRUNC Anamnese_NN :_$. Der_ART Patient_NN berichtet_VVPP ,_$, dass_KOUS er_PPER seit_APPR vielen_PIDAT Jahren_NN ,_$, eigentlich_ADV schon_ADV seit_APPR der_ART Kindheit_NN unter_APPR Migräne_NN leide_VVFIN ._$. Bei_APPR Migräne_NN habe_VAFIN er_PPER meist_ADV einen_ART extremen_ADJA Druck_NN im_APPRART Kopf_NN ,_$, dabei_PROAV habe_VAFIN er_PPER vor_APPR allem_PIS über_APPR dem_ART rechten_ADJA Auge_NN Schmerzen_NN in_APPR Form_NN eines_ART Stechens_NN ,_$, dabei_PROAV in_APPR der_ART Regel_NN Übelkeit_NN ,_$, nur_ADV selten_ADJD aber_ADV Erbrechen_NN ._$. Im_APPRART weiteren_ADJA Lichtempfindlichkeit_NN ,_$, Geräuschempfindlichkeit_NN ,_$, zeitweise_ADV Flimmerskotome_NN rechts_ADV ._$. Dauer_NN bis_APPR zu_APPR einem_ART Tag_NN ,_$, Häufigkeit_NN in_APPR der_ART letzten_ADJA Zeit_NN relativ_ADJD hoch_ADJD ,_$, bis_KOUS zu_PTKVZ zweimal_ADV in_APPR der_ART Woche_NN ._$. In_APPR der_ART Migräne_NN Attacken_NN nehme_VVFIN er_PPER derzeit_ADV Novaminsulfon_NN ,_$, aber_KON in_APPR letzter_ADJA Zeit_NN ohne_APPR wesentlichen_ADJA Effekt_NN ._$. Meist_ADV mache_VVFIN er_PPER alles_PIS dunkel_ADJD und_KON versuche_VVFIN sich_PRF schlafen_VVINF zu_PTKZU legen_VVINF ._$. Er_PPER leide_VVFIN unter_APPR Schlafstörungen_NN ,_$, oft_ADV könne_VMFIN er_PPER sich_PRF nicht_PTKNEG konzentrieren_VVINF ,_$, ärgere_VVFIN sich_PRF dann_ADV darüber_PROAV ,_$, die_ART Stimmung_NN sei_VAFIN eher_ADV schlecht_ADJD ._$. Er_PPER neige_VVFIN sehr_ADV zum_APPRART Grübeln_NN ._$. Er_PPER sei_VAFIN auch_ADV sehr_ADV schüchtern_ADJD ,_$, könne_VMFIN nicht_PTKNEG gut_ADJD auf_APPR Leute_NN zugehen_VVINF ._$. Keine_PIAT anderen_ADJA Krankheiten_NN bekannt_ADJD ._$. Sonst_ADV keine_PIAT Einnahme_NN von_APPR Medikamenten_NN ._$. Ein_ART Zwillingsbruder_NN leide_VVFIN auch_ADV unter_APPR Migräne_NN ,_$, sonst_ADV keine_PIAT Nervenleiden_NN in_APPR der_ART Familie_NN bekannt_ADJD ._$. Neurologischer_ADJA Befund_NN :_$. Bewusstsein_NN klar_ADJD ,_$, vollständig_ADJD orientiert_VVPP ._$. Hirnnervenverbund_NN unauffällig_ADJD ._$. Muskeleigenreflexe_NN seitengleich_ADJD mittellebhaft_ADJD ._$. Keine_PIAT manifesten_ADJA oder_KON latenten_ADJA Paresen_NN ._$. Trophik_NN und_KON Tonus_NN regelrecht_ADJD ,_$, Gang_NN und_KON Stand_NN unauffällig_ADJD ,_$, Koordination_NN ungestört_ADJD ._$. Sensibilität_NN intakt_ADJD ._$. Psychischer_ADJA Befund_NN :_$. Freundlich_ADJD zugewandt_VVPP ,_$, Affekt_NN mäßig_ADJD schwingungsfähig_ADJD ,_$, Insuffizienzdenken_NN ,_$, irritierbar_ADJD und_KON selbstunsicher_ADJD ,_$, rasch_ADJD erschöpft_VVPP ,_$, schwunglos_ADJD ,_$, oft_ADV angespannt_ADJD ._$. Schlafstörung_NN ._$. Tagesperiodik_NN ,_$, keine_PIAT Suizidalität_NN ._$. Epikritische_ADJA Beurteilung_NN /_$[ Therapie_NN :_$. In_APPR psychischer_ADJA Hinsicht_NN besteht_VVFIN bei_APPR dem_ART Patienten_NN eine_ART mäßige_ADJA depressive_ADJA Verstimmung_NN vor_APPR dem_ART Hintergrund_NN einer_ART ausgeprägten_ADJA sozialen_ADJA Phobie_NN ._$. Ich_PPER habe_VAFIN dem_ART Patienten_NN ausführlich_ADJD beraten_VVPP und_KON zunächst_ADV eine_ART angstlösende_ADJA und_KON antidepressive_ADJA Behandlung_NN mit_APPR Venlafaxin_NN eingeleitet_VVPP ,_$, Beginn_NN mit_APPR 37,5_CARD mg_NN ,_$, im_APPRART Weiteren_ADJA auf_APPR 150_CARD mg_NN morgens_ADV zu_PTKZU erhöhen_VVINF ._$. Zusätzlich_ADJD wäre_VAFIN eine_ART Psychotherapie_NN anzuraten_VVIZU ._$. In_APPR Bezug_NN auf_APPR die_ART Migräne_NN habe_VAFIN ich_PPER für_APPR die_ART akute_ADJA Attacke_NN Sumatriptan_NN 50_CARD mg_NN verordnet_VVPP ,_$, im_APPRART Weiteren_NN wäre_VAFIN wahrscheinlich_ADJD auch_ADV eine_ART Prophylaxe_NN sinnvoll_ADJD ,_$, dies_PDS wird_VAFIN jedoch_ADV vom_APPRART weiteren_ADJA Verlauf_NN abhängen_VVINF ._$. Mit_APPR freundlichen_ADJA Grüssen_NN Dr._NN med_NE ._$. Direkt-Fax_NN ohne_APPR Unterschrift_NN
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